Dużą trudnością dla początkujących użytkowników „Gimpa” są warstwy (Layers). Mimo iż z początku ciężko jest się połapać, jak działają, to już po krótkim czasie stają się nieodzownym narzędziem w codziennej pracy z tym programem.
Cała rzecz polega na tym, że obrazy układa się na sobie – jeden na drugim. Możemy zmieniać kolejność, w jakiej będziemy je umieszczać, ustawiać różne opcje i atrybuty. Jeśli chcemy wywołać warstwę to musimy wybrać odpowiednie okno dialogowe „Warstwy, Kanały, Ścieżki…” poprzez kliknięcie zakładki „Warstwy”.
Nie wszystkie warstwy mają tyle samo kanałów, taką samą rozdzielczość i niekoniecznie są w tym samym trybie. Końcowy efekt używania warstw zależeć będzie od tego, jak je „pomieszamy”.
Ważnym elementem „Warstw” są tryby mieszania. Za pomocą tej ciekawej opcji ustalamy, w jaki sposób piksele jednej warstwy (na przykład górnej) mają oddziaływać z pikselami innych warstw („dolnych”). Możemy regulować poziom przezroczystości i stopień określający krycie warstw (od 0% do 100%).
Aktywna warstwa może być scharakteryzowana następującymi właściwościami: „Tryb”, „Ochrona obszaru przezroczystości”, czy też „Wartość krycia” – przezroczystość. Warstwa, którą zaznaczyliśmy jest aktywna i podświetlona na niebiesko.
„Tryb warstwy” jest opcją odpowiadającą za przenikanie (łączenie) warstwy z innymi warstwami, które leżą pod nią. Mamy tutaj kilka różnych wyborów: „Zwykły”, „Przenikanie”, „Mnożenie” itp.
Opcja „Ochrona obszaru przezroczystości” odpowiada za to, czy możemy rysować po przezroczystej części obrazka. „Krycie” stanowi o przezroczystości pikseli – dzięki tej opcji możemy ustawić, w jaki sposób piksele danej warstwy „przepuszczają” piksele warstw niższych.
Warstwy możemy ze sobą dowolnie łączyć, rozdzielać i dokonywać na nich innych operacji – menu „Gimpa” są bardzo intuicyjne i nie powodują zamieszania, także nawet początkujący użytkownik powinien szybko połapać się, o co chodzi w tej całej historii z warstwami. Warto powiedzieć, że są one istotnym elementem każdego tworzonego obrazka.